KPU pasca reformasi untuk pertama kalinya dibentuk pada pemerintahan Presiden Burhanuddin Jusuf Habibie dengan Keppres Nomor 16 Tahun 1999. Anggota dari KPU adalah wakil dari partai politik dan wakil dari pemerintah yaitu sebanyak 53 anggota. KPU menyelenggarakan Pemilu Tahun 1999 dengan jumlah peserta pemilu pada saat itu adalah 48 partai.

KPU selanjutnya terbentuk pada tahun 2011 pada era pemerintahan Presiden KH Abdurrahman Wakhid dengan Keppres Nomor 10 Tahun 2001. Jumlah anggota KPU pada saat itu adalah 11 (sebelas) orang yang terdiri dari unsur akademisi dan LSM.

KPU ketiga terbentuk pada tahun 2007 berdasarkan Keppres Nomor 101 Tahun 2007. Anggota KPU pada saat ini adalah 7 (tujuh) orang yang melibatkan akademisi, peneliti dan birokrat. Sebagai pedoman penyelenggaraan Pemilu maka DPR mengesahkan Undang Undang Nomor 22 Tahun 2007 tentang Penyelenggaraan Pemilu.

Hingga sekarang KPU telah mengawal pelaksanaan demokrasi di Indonesia selama kurun waktu 1999-2014. Selama itu pula KPU terus bertekat untuk menjadi penyelenggara Pemilu yang independen dan nonpartisan.

KPU Kabupaten Kulon Progo merupakan penyelenggara Pemilu di tingkat Kabupaten Kulon Progo. KPU Kabupaten Kulon Progo telah menyelenggarakan 4 (empat) kali Pemilu Nasional, yaitu Pemilu Tahun 1999, 2004, 2009, dan 2014. KPU Kabupaten Kulon Progo juga telah menyelenggarakan 3 (tiga) kali Pemilihan Kepala Daerah (Pemilukada) yaitu pada tahun 2001, 2006, dan 2011. Jumlah anggota KPU mulai tahun 2004 untuk tingkat kabupaten adalah 5 (lima) orang. Ketua KPU Kabupaten Kulon Progo periode 2013-2018 dijabat oleh Muh Isnaini STP dan beranggotakan Marwanto, S.Sos ; Tri Mulatsih, S.Pd, MA ; Budi Priyana, S.Pt ; dan Panggih Widodo, S.Si.